Dabei arbeitete sie mit den verschiedenen Einrichtungen und Gremien des evangelischen Schulwesens ebenso zusammen wie mit anderen Bildungseinrichtungen, Verbänden und Netzwerken. Zu ihren Schwerpunkten gehörten
- die Konzeptentwicklung/-beratung im Blick auf pädagogische Schulentwicklung und Fortbildung;
- die Qualitätssicherung und -entwicklung im Blick auf Profilbildung, pädagogische Schulentwicklung und Fortbildung;
- die Konzeption und Durchführung exemplarischer Projekte und Maßnahmen zur Weiterentwicklung des Profils evangelischer Schulen und zur pädagogischen Innovation;
- Fragen der Evaluation und Forschung;
- der Aufbau eines Informationspools zum evangelischen Schulwesen, auch im Dienste der Öffentlichkeitsarbeit;
- die Unterstützung von Kooperationsformen und -modellen, insbesondere in der Fortbildung;
- eigene Veröffentlichungen.
Die Arbeit der WAES wurde regelmäßig dokumentiert und durch einen Beirat begleitet, der zweimal im Jahr zusammentrat.